La asociación funciona en base a los siguientes órganos:
- Asamblea General: órgano supremo; ha de convocarse una vez al año para la aprobación de cuentas y presupuestos, es el órgano competente para modificación de Estatutos, etc. Salvo que los Estatutos dispongan otra cosa, el quórum de constitución en primera convocatoria es la mayoría de socios (presentes o representados), y en segunda, cualquiera que sea el número de asistentes a la sesión.
- Junta Directiva: órgano de dirección y gestión de la asociación.
- Presidente: representa a la asociación frente a terceros y preside tanto la Junta Directiva como la Asamblea General.
La LOA sólo habla de un "órgano de representación que gestione y represente los intereses de la asociación" (art. 11.4), de tal manera que, en adelante, dicho órgano lo mismo puede denominarse Junta Directiva que Consejo de dirección, Comisión permanente o cualquier giro similar.