La solución institucional significa que el arreglo de la diferencia se alcanza mediante un acto jurídicamente atribuible a la Organización como tal. En este sentido, se ha hablado de solución interna, es decir, lograda por la propia Organización, sin necesidad de recabar el consentimiento de los Estados partes en la diferencia ni la decisión de un Tribunal exterior.
La solución institucional presenta dos variantes, ya que puede operarse por órganos de carácter político o por órganos jurisdiccionales o cuasi-jurisdiccionales de las Organizaciones.
4.1. La solución por decisión de un órgano político
La solución obligatoria de diferencias por órganos de carácter político se da en ciertas Organizaciones de cooperación económica. Este medio está previsto en el art. 18 del Convenio constitutivo del Fondo Monetario Internacional, con un procedimiento particularmente elaborado, ya que incluye la decisión del órgano ejecutivo y la posibilidad de recurso ante el órgano plenario.
4.2. La solución por decisión de un órgano jurisdiccional o cuasijurisdiccional
La solución institucional puede producirse también por decisión de un Tribunal especial de la Organización, o bien mediante la intervención de órganos “cuasijurisdiccionales” por su composición o sus funciones.
Buena parte de los Tribunales internacionales actualmente existentes han sido establecidos para la solución de las diferencias nacidas del régimen jurídico de una Organización internacional. Esta vía de solución es frecuente en las Organizaciones regionales de integración económica. El ejemplo paradigmático dentro de este grupo es el de las Comunidades Europeas, con su prestigioso Tribunal de Justicia, al que se ha agregado más tarde un Tribunal de Primera Instancia y, últimamente, un Tribunal de la Función Pública, para conocer de los numerosos asuntos que presentan los funcionarios de la Unión Europea.
La solución jurisdiccional se da también en Organizaciones de otro carácter, normalmente con un alcance más limitado y sólo para la solución de determinadas categorías de controversias. Se encargan aquí, sobre todo, los Tribunales Administrativos, de dirimir las controversias entre la Organización y sus agentes.
El supuesto más notorio de solución por un órgano cuasijurisdiccional es el de la Organización de la Aviación Civil Internacional. En esta Organización, el arreglo de las controversias corresponde en primera instancia al Consejo, órgano que no es propiamente jurisdiccional, habida cuenta de su composición (está integrado por representantes de Estados y no por jueces independientes) y de sus funciones (que ciertamente no se reducen a la solución de diferencias). Sin embargo, el Consejo ha de proporcionar una solución jurídica.