1.1.La confluencia de tres culturas
Durante un tiempo prolongado conviven en España las tres grandes religiones monoteístas: el catolicismo, el judaismo, y el islam.
Desde la Romanización, que introduce el cristianismo en la península, y a partir de la unificación bajo la Iglesia de Roma del reino visigodo, la doctrina católica es la religión oficial de la monarquía española.
La invasión islámica del 711 rompe la unidad política y religiosa y concentra los restos del reino visigodo en los territorios del norte, hasta el XI que comienza la Reconquista, y que concluirá en el 1492 con la conquista de Granada.
El proceso de fortalecimiento de la monarquía cristaliza con los Reyes Católicos. Y supone una fuerte intolerancia religiosa por: la expulsión de las minorías religiosas y el establecimiento de la Inquisición.
Los Reyes Católicos decretan la expulsión de los judíos en 1492. Aquellos que aceptan incorporarse a la religión oficial se llaman conversos y serán el origen de la Inquisición. Una década después se decide la expulsión de los musulmanes y a comienzos del siglo XVII, se produce la expulsión de los moriscos, aquellos musulmanes que para evitar la expulsión habían decidido convertirse a la religión oficial.
Para vigilar la pureza de la fe se instaura el Tribunal de la Inquisición, órgano eclesiástico con respaldo civil, que se constituye en el principal instrumento de intolerancia religiosa en España durante tres siglos.
Todo el sistema se basa en la mutua interinfluencia Iglesia-Estado a fin de mantener la ortodoxia doctrinal y la unidad religiosa -como fundamento de la unidad política-. El Estado impone por la fuerza la doctrina religiosa oficial, mientras que el papado concede al Estado privilegios intervencionistas.
1.2.El impacto de la Ilustración: el regalismo
La Ilustración es un movimiento racionalista que propone la autonomía del poder político y de la conciencia, introduce en los países católicos del sur de Europa ciertos criterios de tolerancia religiosa. No hay cambios formales en la íntima compenetración entre Estado e Iglesia oficial y por tanto se mantiene la confesionalidad. Sin embargo, el Estado fundamenta su naturaleza no ya en el mandato divino, sino en la soberanía nacional. Se produce, por tanto, una secularización del poder.
La creciente autonomía del poder civil permite la conformación de una sociedad más abierta, la implantación de sistemas de administración pública más eficientes y la incorporación de los avances científicos y de nuevas pautas culturales. Se relaja la persecución por causa de conciencia, mientras que el control del poder absoluto alcanza a la propia organización eclesiástica mediante ciertos instrumentos regalistas que tienen en España un fuerte desarrollo.
Los más importantes de ellos son el ius patronatus o Real Patronato sobre el nombramiento de multitud de cargos eclesiásticos en España e Indias, y el exequatur o Pase Regio que permite controlar la publicación y vigencia de las normas eclesiásticas en el territorio sujeto a la soberanía nacional. Para regular estas cuestiones se concluye el Concordato de 1753 entre la Santa Sede y el Reino de España.
Finalmente, la expulsión de los jesuitas con Carlos III, por su oposición intolerante hacia la superación de las ideas del antiguo régimen, acredita la nueva posición del poder secular.